I Curso Práctico de Programación para Científicos

Introducción Programa Inscripción


En colaboración con:

SUN Microsystems



Introducción al curso
 Descripción
Debido al gran desarrollo de las técnicas experimentales y computacionales, y a la difusión de Internet, actualmente existe una gran cantidad de información biológica disponible. Esta información es libre y gratuita. Ejemplos comunes son la información sobre bioentidades disponible en bases de datos (SwissProt, GenBank, PDB), información bibliográfica (PubMed), información genómica (TIGR, Ensembl), etc. El formato electrónico en que se ofrecen estos datos hace posible que pueda ser consultada, descargada y manipulada por el usuario a voluntad.
Sin embargo, el potencial de esta información es a menudo infrautilizado, debido a que el formato en el que se presenta puede no ser el mas adecuado para nuestros propósitos. Necesitamos poder extraer los datos relevantes para nosotros, enlazarlos con otros datos provenientes de otras fuentes, cambiar los formatos, etc. Pongamos un ejemplo simple: pensemos en añadir la información funcional presente en SwissProt a los resultados de un experimento de microarrays. Deberíamos leer los resultados, buscar el identificador de los genes, buscar el identificador correspondiente en SwissProt, leer la información funcional y rehacer los resultados. Esto implica leer información de fuentes diversas, cruzarla y generar nuevos resultados. Este tipo de problemas son comunes actualmente y conllevan dias de trabajo tedioso si se hace manualmente.
Algunos lenguajes de programación son óptimos para realizar precisamente esto: manipular la información de modo sencillo y eficaz. Estos lenguajes se conocen como lenguajes de scripting (ya que principalmente se utilizan para escribir pequeños programas, o scripts). El mas conocido y potente de todos ellos es el lenguaje Perl. El lenguaje Perl aúna gran potencia en el manejo de datos con una gran sencillez en su uso y aprendizaje.
En este curso proponemos una introducción práctica al lenguaje Perl, de una semana de duración. El curso está dirigido principalmente a investigadores con bajos o nulos conocimientos de informática. Nuestra experiencia en cursos anteriores nos dice que estos profesionales encuentran en el conocimiento básico de Perl un recurso que utilizan continuamente.
 Conocimientos
 previos

  • Familiaridad con ordenadores PC a nivel usuario.

  • Familiaridad con software de correo electrónico y navegación por internet.
 Práctico
 (% del tiempo)
         60%
 Precio          1.100 Euros (183.025 pts.) + IVA
 Lugar de
 Impartición
         SUN Microsystems
 Comentarios
  • El curso es eminentemente práctico, y se realizarán entre otras las siguientes prácticas:
    • Leer una secuencia de DNA. Cambiar de formato. Extraer subsecuencias. Buscar patrones. Buscar codones de inicio y terminación. Traducir a proteína.
    • Relacionar (cruzar) la información de bases de datos diversas mediante identificadores comunes.
    • Generación de parsers: Interpretar un resultado de Blast, interpretar una entrada SwissProt.
    • Escribir un robot para descargar y actualizar automaticamente información de paginas web.
    • Consultar artículos de Medline de acuerdo a diferentes criterios (keywords, autores, etc.)
    • Generación de páginas web y publicación de resultados propios.

  • Los alumnos recibirán un diploma de asistencia.

  • Los alumnos recibirán un CDROM con todo el material del curso, software gratuito para varias plataformas, etc...

  • La matricula del curso incluye un periodo de consultoría gratuito (1 semana) y una dirección de email a donde los alumnos pueden enviar preguntas o dudas.

  • Al final del curso los alumnos rellenarán una encuesta on-line para valorarlo.



Programa
Fecha Tema Profesor Horas
-  Introducción al Perl L. Jiménez 8
-  Variables J. Tamames 2
-  Operadores J. Tamames 2
-  Listas y hashes J. Tamames 4
-  Lectura y escritura de datos: Input/Output J. Tamames 3
-  Pattern matching: Expresiones regulares J. Tamames 4
-  Scripting orientado a web: HTML. Generación y lectura de HTML desde Perl. Publicación de resultados. Uso de wget para descargar automaticamente información de la web L. Jiménez 8
-  Introducción a la creación de bases de datos: Lenguaje SQL J. Tamames 4



Inscripción - Para inscribirse en este curso contacte con:
 Nombre    Javier Tamames
 E-Mail    
 Teléfono    +34 91 141 71 50
Inscripción On-line





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