Prediction of Protein Interactions: Metabolic Enzymes are Frequently Involved in Gene Fusion

This table provides supplementary information to work reported in and (2000), Nature genetics 26(2) 141-142.

The prediction of protein interactions via domain fusion analysis was undertaken for the E. coli genome to investigate whether metabolic enzymes have a higher participation in gene fusion events as compared to other proteins. We have shown that enzymes exhibit a higher preference in participating in fusion events as compared to non-enzymatic proteins. The table below shows the species distribution of the fused proteins that are homologous to E. coli enzymes (components).

Within each table cell, colours indicate phylogenetic domains (red for archaea, blue for bacteria and green for eukaryotes) and numbers indicate the frequency of composite proteins per species and fusion event. Species abbreviations: ape-Aeropyrum pernix (K1), aae-Aquifex aeolicus (VF5), afu-Archaeoglobus fulgidus (DSM4304), bsu-Bacillus subtilis (168), cel-Caenorhabditis elegans, cpn-Chlamydia pneumoniae (CWL029), ctr-Chlamydia trachomatis (serovar D), hin-Haemophilus influenzae (KW20), mth-Methanobacterium thermoautotrophicum (delta H), mge-Mycoplasma genitalium (G-37), mpn-Mycoplasma pneumoniae (M129), mtb-Mycobacterium tuberculosis (H37Rv), sce-Saccharomyces cerevisiae (S288C), syn-Synechocystis sp. (PCC 6803), tma-Thermotoga maritima (MSB8).


Components Species names
ape aae afu bsu cel cpn ctr hin mth mge mpn mtb sce syn tma
P00478 P00479                             1
P00479 P00968         1               1    
P00895 P00904                         1    
P00903 P00895                         1    
P00907 P00479         1               1    
P00907 P00968         1               1    
P00907 P04391                         1    
P00907 P06960         1               1    
P00909 P00903                         1    
P00909 P00904     1                   1    
P00932 P00928                         1    
P00960 P00961           1 1                
P00968 P04391                         1    
P05041 P00903                         1    
P05041 P00904                         1    
P05053 P08722       2           1 1        
P05053 P08837       2           1 1        
P05194 P15770                         1    
P05194 P24167                         1    
P05313 P08997         1                    
P06960 P00968         1               1    
P06981 P04079               1              
P06988 P06989                         1    
P07001 P07002         1                    
P07005 P07004         1                    
P07006 P00550               1              
P07638 P05194                         1    
P07638 P07639                         1    
P07638 P15770                         1    
P07638 P24167                         1    
P07639 P05194                         1    
P07639 P08329                             1
P07639 P15770                         1    
P07639 P24167                         1   1
P07862 P17952           1 1                
P08178 P08179         1                    
P08178 P15640         1               1    
P08178 P37051         1                    
P08179 P15640         1                    
P08205 P11446                         1    
P09028 P09029                         1    
P09152 P11350                       1      
P09152 P19316                       1      
P09323 P36672       1                      
P09831 P16428                 1            
P09832 P09831         1               1    
P10375 P10373                         1    
P11350 P19319                       1      
P11665 P04790                             1
P14926 P10378       2                      
P14926 P11454       2                      
P14926 P25715         1             10      
P14926 P25716       1                      
P14926 P29212       2                      
P14926 P31119       1                      
P15640 P37051         1                    
P18401 P18402 1                            
P18776 P09831                 1            
P19316 P19319                       1      
P23538 P14178                           1  
P23538 P21599                           1  
P23844 P17952           1 1                
P23846 P23845                       1      
P24167 P15770                         1    
P24241 P08837       1                      
P25523 P24199   1 1 1   1 1         2   1 1
P25532 P31218         1                    
P25716 P10378       1                      
P25716 P11454       1                      
P25716 P31119       1                      
P26281 P26282           1 1           1    
P28304 P14926                       7      
P28304 P25715                       5      
P28304 P39435                       7      
P29011 P30139                           1  
P29212 P25716       1                      
P30127 P30126                         1    
P31552 P14926       1                      
P31552 P39435       1                      
P31663 P23863                           1  
P32059 P24217       1                      
P33221 P09028                         1    
P33599 P33600   2                          
P36672 P08837       1                      
P37745 P37760       1                      
P39184 P26616               1              
P39435 P10378       2                      
P39435 P11454       2                      
P39435 P25715         1             10      
P39435 P25716       1                      
P39435 P29212       2                      
P39435 P31119       1                      
P40681 P09147                         1    
P40681 P27830                         1    
P40681 P37759                         1    
P76459 P76458         1